В соответствии со статусом Рудно-петрографического музея как структурного подразделения ИГЕМ, основной задачей его деятельности является сбор, обработка, систематизация и хранение образцов и коллекций горных пород и руд в целях их использования:
- при научно-исследовательских работах сотрудниками ИГЕМ РАН и других геологических организаций;
- в учебном процессе общеобразовательных школ и специальных учебных заведений геологического профиля;
- в просветительской деятельности и в целях популяризации основных достижений отечественных геологов в разработке теоретических основ петрологии и учения о рудных месторождениях и расширении минерально-сырьевой базы России.
В настоящее время фонды Музея состоят из более чем 80 тыс. образцов, которые с той или иной полнотой представляют различные (преимущественно магматические) породы и руды разных континентов Земли и дна Мирового океана. Большинство из них собраны в ходе полевых экспедиционных работ и переданы Музею учеными, проводившими исследования в институтах, в состав которых в разное время входил Музей.
На базе каменного материала, которым располагает Музей, создан и постоянно пополняется компьютерный банк данных. В него вносится полная информация об образцах, составляющих основной, обменный и вспомогательный фонды Музея с указанием места хранения каждого образца. Такой банк данных позволяет достаточно оперативно по одному или нескольким признакам выявлять наличие и подбирать необходимые для проведения исследований образцы, а также в значительной степени облегчает комплектацию региональных и тематических экспозиционных коллекций горных пород и руд. Эти коллекции используются при просветительской деятельности и знакомят посетителей Музея с разнообразием горных пород и руд нашей планеты и спецификой магматизма и оруденения, проявляющегося на последовательных стадиях развития земной коры и в различных геодинамических обстановках. На основе таких коллекций в Музее по предварительной договоренности организуются занятия по отдельным вопросам магматизма и рудообразования для учащихся учебных заведений геологического профиля. Кроме того, Музей оказывает содействие в комплектации учебных коллекций горных пород и руд для общеобразовательных школ и других учебных заведений и проводит консультативную работу по типизации магматических пород, диагностике породообразующих и рудных минералов и другим вопросам петрографии кристаллических пород и вещественного состава различных руд. В Музее также периодически организуются выставки, посвященные юбилейным датам, связанным с именами выдающихся ученых-геологов.